Eesti Vabariigi valitsuse ja Jaapani valitsuse vaheline vastastikusest viisanõudest loobumise kokkulepe (jõustunud 01.12.1999)
19.12. 2000 fikseeriti Eesti ja Jaapani vaheline õiguslik alus edasisteks lepingulisteks suheteks, st – jõus on ainult need kahepoolsed lepingud, mis on sõlmitud peale 20.08.1991.
Eesti ja Jaapani välisministeeriumide vaheline koostööprotokoll allkirjastati juunis 2002 välisminister Ojulandi töövisiidi käigus. Sellega pandi alus regulaarsetele poliitilistele konsultatsioonidele.
Topeltmaksustamise vältimise leping (jõustunud 30.08.18, rakendatakse alates 01.01.2019).
Eesti Vabariigi valitsuse ja Jaapani valitsuse vaheline töötamisõigusega turismiviisade kokkulepe (vastu võetud 12.11.2019, rakendatakse alates 11.03.2020)
