Kahepoolsed suhted
Jaapan tunnustas Eesti Vabariiki 6. märtsil 1919 de facto, 26. jaanuaril 1921 tunnustas Antanti Ülemnõukogu (sh Jaapan) Eesti Vabariiki de iure. 8. märtsil 1921 tunnustas Jaapan Eesti Vabariiki de iure ka eraldi aktiga. 1921. aastal Riiga määratud ajutine asjur kattis ka Eestit.
1935. a. alustas tegevust esimene Jaapani aukonsul Tallinnas – Voldemar Puhk,
1937. a. akrediteeriti Riias resideeriv Jaapani saadik Shin Sakuma ka Tallinnasse.
1939. a. avati Tallinnas Jaapani diplomaatiline büroo, mis tegutses 29. juulini 1940.
Foto: Jaapani saadik Otaka Shojiro (esimeses reas vasakult esimene) volikirja üleandmine president Konstantin Pätsile Kadriorus 1939.
Suhted alates 1991
6. septembril 1991. a. andis Jaapani erivolitustega suursaadik Hirokazu Arai Tallinnas üle Jaapani valitsuse ametliku läkituse Eesti Vabariigi iseseisvuse tunnustamise kohta.
10. oktoobril 1991 taastati kahe riigi vahelised diplomaatilised suhted ja 1. jaanuaril 1993. a. avati Tallinnas Jaapani saatkond.
4. märtsil 1996. a. avati Eesti Vabariigi Suursaatkond Tokios.
16. oktoobril 2019 andis Jaapani suursaadik Hajime Kitaoka üle volikirjad President Kersti Kaljulaidile.
13. detsembril 2018 andis Eesti Vabariigi erakorraline ja täievoliline suursaadik Väino Reinart volikirja üle Jaapani keiser Akihitole.
2019.a. aprillis taasasutati Riigikogu Eesti – Jaapani parlamendirühm. Rühma esimees on Kaido Höövelson. 2017. aastast on Jaapani-Eesti sõprusrühma esimees Takuya Hirai, kes on parlamendiliige ning endine teaduse ja tehnoloogia poliitika eest vastutav minister.
1991. aastal asutati Hokkaido saarel Jaapani-Eesti sõprusühing (esimees Masatoshi Nakamura). 1992. aastal loodi Tallinnas Eesti-Jaapani Assotsiatsioon (esimees Heikki Vallaste), mis tegeleb näituste ja loengusarjade korraldamise ning jaapani kultuuri tutvustamisega. 2004. a. veebruaris asutati Tokios Jaapani-Eesti sõprusühing (ühingu esimees on hr Tadahiko Yoshino). Nagano prefektuuri Saku linnas tegutseb samuti Jaapani-Eesti sõprusühing.